Le séquençage génétique personnalisé peut aider à diagnostiquer des maladies rares

Adapter le séquençage génétique aux patients individuels pourrait doubler les taux de diagnostic des maladies rares, selon des chercheurs de l’University College London.

Le ministère britannique de la Santé a annoncé le lancement du NHS Genomic Medicine Service en 2018, qui permet aux patients atteints de maladies rares de faire lire leur code génétique, ce qui permet d’améliorer les taux de diagnostic.

L’interprétation des données génétiques peut être très difficile et complexe pour certaines personnes. De nombreuses personnes atteintes de maladies rares ne reçoivent pas de réponse moléculaire à la cause de leurs problèmes grâce au séquençage génétique.

Des chercheurs de la Centre mitochondrial de Londres à l’UCL Queen Square Institute of Neurology et l’UCL Great Ormond Street Institute of Child Health ont entrepris d’améliorer les chances de diagnostiquer des maladies rares grâce au séquençage génétique.

L’étude a été publiée dans Communication Nature.

Repenser les approches du séquençage génétique

Les chercheurs ont testé comment l’utilisation d’une équipe de médecins spécialisés, de bioinformaticiens et de scientifiques pouvait renforcer l’efficacité des laboratoires de diagnostic du NHS au-delà de la méthamphétamine semi-automatisée standard d’analyse des données, qui a généralement été utilisée.

L’équipe a réévalué les cas non diagnostiqués pour identifier les domaines qui pourraient aider à orienter une analyse plus approfondie et plus personnalisée. Les chercheurs ont appliqué des approches bioinformatiques supplémentaires, en utilisant des technologies informatiques avancées pour identifier les altérations génétiques dans l’ADN des patients. La découverte de ces altérations pourrait aider les cliniciens à trouver des maladies qui peuvent être négligées lors des tests de routine.

Au total, 102 patients non diagnostiqués ont été examinés, chacun d’eux étant suspecté d’avoir une maladie mitochondriale primaire et ayant subi un séquençage génétique dans le cadre du projet 100 000 génomes du NHS. Cette approche personnalisée a fait passer le taux de diagnostic de 16,7 % à 31,4 %. Le séquençage génétique a détecté des variantes potentiellement dangereuses chez 3,9 % des patients supplémentaires.

Le Royaume-Uni est à la pointe du diagnostic des maladies rares

« Le NHS a beaucoup investi dans les technologies génétiques avancées. Par conséquent, le Royaume-Uni s’est imposé à la pointe du séquençage diagnostique du génome entier. Cela dit, certaines personnes atteintes de maladies génétiques rares restent sans diagnostic moléculaire après l’analyse de leur génome », a déclaré le Dr Robert Pitceathly, auteur principal et co-responsable du London NHS Highly Specialized Service for Rare Mitochondrial Disorders.

« Nous pensons qu’il est crucial d’investir dans des équipes spécialisées en médecine génomique, afin d’assurer un accès équitable à une expertise multidisciplinaire dédiée et de maximiser les diagnostics. En moyenne, les patients de notre étude ont attendu plus de 30 ans pour un diagnostic – nous avons maintenant la capacité de résoudre de tels cas, mais nous avons besoin d’une planification adéquate de la main-d’œuvre pour aider les laboratoires de diagnostic génétique du NHS à atteindre cet objectif », a ajouté le Dr Pitceathly.

Recevoir un diagnostic génétique permet aux patients d’avoir accès à la planification familiale, à la FIV spécialisée et aux essais de médicaments. Il permet également le dépistage ciblé des complications de la maladie et l’accès aux études cliniques sur les médicaments.

« Dans cette étude, chaque nouveau diagnostic génétique a eu un impact direct sur les soins aux patients. Cela comprenait des examens supplémentaires pour les problèmes cardiaques, la perte auditive et le diabète, ainsi que l’accès aux essais cliniques », a déclaré le Dr Pitceathly.

« Ce travail est une avancée significative dans le développement des meilleurs moyens de maximiser les avantages de l’analyse du génome pour les patients. Cela démontre clairement qu’en combinant des approches automatisées de l’analyse du génome avec l’interprétation des données par une équipe multidisciplinaire qualifiée, les taux de diagnostic doublent », a conclu le professeur Michael Hanna, directeur de l’UCL Queen Square Institute of Neurology.